独BIOBASE社は、タンパク質・パスウェイ・転写調節情報を収録したキュレーションデータベースやヒト疾患と遺伝子の変異を関連付けた情報を収録したキュレーションデータベースを提供しています。 手作業で収集され、整理・要約されたデータを活用することで、創薬研究における文献情報の検索の効率化を促進します。
創薬研究を支えるライフサイエンスの知見は日々更新され、膨大な量の情報が蓄積されています。これにともない、情報を有効活用するためのソリューションが求められています。
BKLはタンパク質情報データベースとして、100万件以上の文献から創薬研究の必須情報をマニュアルキュレーションにより収集・蓄積し、文献情報検索・活用の効率化に貢献しています。
タンパク質情報データベース BKL に収録されているデータは、各分野の専門知識を有する専任キュレーターが手作業で抽出したデータです。
疾患関連バイオマーカー、発現情報などパブリックデータベースでは提供が難しい有用情報を蓄積し、さらに隔週更新により最新の知見にも対応しています。
BKLの特長
- 疾患、ターゲット、バイオマーカー、パスウェイ、転写調節など創薬研究の必須情報を収載
- 各分野の専門知識を有する専任キュレーターが手作業で抽出した高品質なデータ
- 対応する生物種はヒト、マウス、ラットの他に、分裂酵母、出芽酵母、線虫、病原性真菌
- 隔週更新により最新の知見にも対応
- 各種検索機能により高品質なデータを最大限に活用可能
創薬研究の必須情報を網羅する高品質キュレーションデータ
100万件以上の文献をもとに、タンパク質の機能・特長、疾患関連バイオマーカー、発現情報といった情報が登録されています。さらに、シグナル伝達パスウェイおよび代謝パスウェイの詳細情報、文献から集められた転写因子結合サイトの情報、結合サイトのコンセンサス配列の情報、ChIP-on-Chipの実験結果等が登録されています
HGMDはヒト遺伝子の変異情報と関連する疾患を網羅的に登録しているデータベースです。登録遺伝子数、および遺伝子あたりの変異数の豊富さ、マニュアルキュレーションによるデータの信頼性を備えています。
製品紹介
疾患に関連したSNPを検索する場合やSNPに関連した疾患を検索する場合、一般的に公共データベースのOMIM（遺伝子の疾患情報が登録されているデータベース）やdbSNP（遺伝子のSNP情報が登録されているデータベース）を用います。しかし、直接疾患情報とSNP情報は関連付けられていません。したがって、疾患情報とSNP情報を関連付けるためには大量の文献を読み込む必要があります。本製品のHGMDでは、Ph.Dクラスの専任キュレーターが大量の文献を読み込む事で、疾患情報とSNP情報を既に関連付けており、関連付けられた情報を早く得ることができます。したがって、膨大な文献を読み込む時間を削減することができ、研究効率の改善ができます。
図：公共データベースとHGMDとの比較
主な特徴
- 遺伝子が関連する疾患情報と遺伝子の変異情報を関連付けたデータベース
- 査読付きのジャーナルに掲載された文献のみ掲載
- 専任キュレーターによるマニュアルキュレーション
- 年4回更新（最近3年間で約25,000の変異や多型の情報がアップデート）
直観的なインターフェースで多彩な検索が可能
- 検索画面
- Wildcardを用いた検索が実行可能です。（キーワード、文献タイトル、テキスト本文、変異、遺伝子、シノニムなど）染色体位置からの閲覧、アルファベット順での閲覧、変異閲覧専用ビューアなどをご用意しております。
- 検索結果画面
- 登録された変異の種類とその数、詳細へのリンクを表示しています。
- 変異表示画面
- 変異の種類（アミノ酸置換・ヌクレオチド置換）と疾患、そして文献へのリンクを表示しています。
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