ElDorado、Gene2Promoter、GEMS Launcher、MatBase、RegionMiner、BiblioSphereを統合した転写制御領域解析システムです。配列解析、機能的なプロモーター領域の解析、独自のゲノムアノテーション、プロモーター配列でデータベース、パスウェイ解析、遺伝子ネットワーク解析を統合したアプローチの解析を可能とします。マイクロアレイなどの発現解析にご利用いただけます。

制御領域の解析として、遺伝子の上流に対し転写因子結合サイトを検索するアプローチが現在は主流です。しかし短い配列の転写因子結合サイトのみを検索する際、False Positiveが多くなり、実際に発現の制御を行っているエレメントを発見することが大変困難です。GenomatixSuiteは独自に作成した核内受容体、転写因子結合サイトのライブラリー、オーソログ遺伝子データベースをもとに、機能する調節因子の予測、バリデーションすることにより、調節因子解析をサポートします。

Genomatix製品を組み合わせて使用することで、次世代シーケンサーや、マイクロアレイデータから得られる大量の遺伝子発現データを効率よく解析できます。また、マイクロアレイデータ統計解析ソフトChipInspectorを組み合わせてご利用いただくことで、さらに、精度よく、解析が行えます。

図：GenomatixSuite製品を利用したマイクロアレイデータ解析の流れ

次世代シーケンサー　データ解析システム

高速シーケンサーから得られる巨大なデータをストレス無く、高速にデータ解析するシステムです。この2製品を組み合わせて利用することで、タグのマッピングなどの基礎解析から、Genotype解析、トランスクリプトーム、制御因子解析、エピジェネティクス解析などの、二次解析まで様々な解析が可能です。 Genomatix Mining Station（GMS)は大量の配列情報を高速にマッピングするシステムです。

• 全次世代シーケンサーに対応済み
  （対応シーケンサー　illumina・ABI・Roche・Helicos）
• 独自アルゴリズムで高速ゲノムマッピングを実現
  （100万bp/分でゲノムにマッピング）
• マッピングするリードの長さに上限なし
• ミスマッチ、欠損部位を検出
• SNPsの検出
• 自社のSplicing Junction Libraryを使用し、バリアントの検出

トランスクリプトーム、Genotype、ChIP-Seqなど、次世代シーケンサーのあらゆる解析が可能です。

次世代シーケンサー　データ解析システム

高速シーケンサーから得られる巨大なデータをストレス無く、高速にデータ解析するシステムです。この2製品を組み合わせて利用することで、タグのマッピングなどの基礎解析から、Genotype解析、トランスクリプトーム、制御因子解析、エピジェネティクス解析などの、二次解析まで様々な解析が可能です。 Genomatix Genome Analyzerは大量の配列情報から生物学的メカニズム解析が簡単に行えるシステムです。

• シーケンスデータの高速クラスタリング機能
• 転写因子結合サイト及び制御領域の予測を含む解析
• 生物種間の比較ゲノム解析
• 配列データの視覚化・既存アノテーションとの比較
• 配列データのNormalizationによるトランスクリプト発現定量化
• ウェブブラウザとコマンドライン両方の使用が可能

トランスクリプトーム、Genotype、ChIP-Seqなど、次世代シーケンサーのあらゆる解析が可能です。

トランスクリプトの発現定量：

クラスタリング結果から遺伝子名、トランスクリプト、発現量のリストが得られます。
GO解析、Tissue解析も可能です。

スプライシングバリアント解析・新規トランスクリプトの同定：

既存アノテーションで、イントロンや、intergenicな領域に位置するクラスタから新規トランスクリプト・バリアントの候補が検出できます。
複数の公共DBや、独自に計算、キュレーションしたトランスクリプト、プロモーター、転写開始点の豊富なアノテーションに対して、解析を行います。

マイクロアレイデータを1プローブ毎に解析する統計解析ソフトウェアです。ElDoradoのアノテーションを使用することにより、データのノイズを減らします。

Quality Checkを行ったプローブを使用した解析

全プローブをゲノム上にマッピングして、ゲノム上で特異性と配列　の方向を確認し、質の高いプローブのみを使用することでノイズを減らすことが可能です。

1プローブ毎の統計解析

プローブセット単位ではなく、クオリティー確認後のプローブを1本単位で統計解析処理を行うため、これまで、検出できなかった、遺伝子、トランスクリプトを検出することができます。

エクソンアレイ・タイリングアレイのデータ解析に対応

グラフィックス表示から他のトランスクリプトが持っていないエクソンの位置で発現しているプローブを確認できます。画面から一目で発現しているトランスクリプトを同定できます。

Affymetrix、アジレント、イルミナ社のデータフォーマットに対応

各社のマイクロアレイデータに対応しております。詳細についてはお問い合わせください。

BiblioSphereは文献マイニングデータベースです。遺伝子と遺伝子の関係、遺伝子と転写因子の関係を3Dやネットワークとして表示します。
マイクロアレイデータなどのデータセットの絞り込みに活用できます。

ヒト、マウス、ラット、イヌ、チンパンジー等複数の生物種のゲノムアノテーションデータベースです。 独自のアルゴリズムによって予測されたプロモーターやスプライスバリアントのプロモーター情報、比較ゲノムによって予測されたalternative プロモーター領域も含まれています。オーソロガス遺伝子の一致するプロモーターセットが計算されており、効率よくセット間で共通な転写因子結合サイトなどを検出し、制御している転写因子を予測することができます。CAGEタグに基づく転写開始点、組織別トランスクリプト情報、SNP情報などの検索も可能です。

複数のプロモータ領域を検索するElDoradoのオプションモジュールです。
一度に抽出できるプロモーター数に制限がないため、マイクロアレイデータ解析など、ハイスループットデータ解析にご利用いただけます。

制御領域の解析ツールパッケージです。転写因子結合サイトの検索や転写因子結合サイトの組み合わせ等を検索することが可能です。

多様な解析ツール群

遺伝子解析に必要な様々なツールがパッケージとなっています。
GEMS Launcherの主なツールは以下になります。

• PromoterInspector
  哺乳類のゲノム配列からプロモーター領域を予測するツールです。
• MatInspector
  転写因子結合サイトの検索を行います。複数プロモータ間に共通する転写因子結合サイトの検索も行えます。
• ModelInspector
  既知な転写因子の組み合わせや作成したプロモーターモデルをElDorado等のデータベースから検索します。
• FrameWorker
  複数のプロモータ間に共通な転写因子の組み合わせを発見します。
• FastM
  転写因子結合サイトを組み合わせてプロモーターモデルを作成。
• CoreSearch
  複数の配列から共通モチーフを見つけます。未知な転写因子結合サイトを発見するのに有効です。
• MatDefine
  新規転写因子結合サイトを転写因子ライブラリーに登録します。
• DiAlign
  部分的な相同性に特化したアルゴリズムで複数の配列のアライメントを行います。
• SequenceShaper
  周辺の転写因子結合サイトに影響を及ぼさずに結合サイトを潰す又は作成します。
• SNPInspector
  SNPが転写因子結合サイトに及ぼす影響を予測します。
• SMARTest
  配列からS/MAR領域を予測します。

プロモーター領域に特化せず、GWASをはじめとしたゲノムワイドな制御領域解析や、比較ゲノム解析などを行うためのツールです。主にChIP on ChipやChip-Seq、RNA-seqなどハイスループットな実験から得られるデータを解析するために使用します。実験データのエンリッチな領域に対してゲノム領域を同定し、転写因子結合サイトを解析することができます。

MatBaseは転写因子情報のデータベースです。キーワードなどを入力することで関連する転写因子情報を検索することができます。

LitInspectorはPubMedにエントリーされているアブストラクト、MeSHの情報から文献、パスウェイ情報をマイニングするシステムです。 http://www.litinspector.org/から無償でご利用いただけます。