Molecular Networks社は、ドイツのエルランゲン・ニュルンベルグ大学教授であるJohannGasteiger博士を中心としたグループによって、精力的に開発されたCheminformaticsソフトウェア群を提供しております。
1997年設立以来、現在では約120のWorldwide customerをかかえております。
大規模な3次元Chemicalデータベース構築を目的とした高精度な3次元構造自動生成プログラムです。
CambridgeCrystallographicDatabaseに登録されているX線による3DConformationを参照し作成された情報テーブルをもとに、信頼性の高い3DConformationを高速に計算することを可能にしています。キラル化合物や環状化合物、配位金属化合物などあらゆる化合物に適応しており、最大で6万件の構造を含んだsinglefileを99%以上の変換率で変換可能となっております。
- 対象ファイルフォーマット:約15種類(一部抜粋)
- MDL SDFile (r/w)
- MDL RDFile (r/w)
- Maestro file (r/w)
- SYBYL MOLFile (r/w)
- SYBYL MOL2 (r/w)
- CTX (r/w)
- SMILES (r)
- DYANA (w)
- PDB (w)
CORINAの稼動環境
- Microsoft Windows 2000/XP (win32)
- SUSE x86 Linux (Release 8/9, Kernel 2.4/2.6, AMD64 on request)
- Red Hat x86 Linux 8, 9, Enterprise (Kernel 2.4/2.6)
- Sun SPARC, Solaris 8 (SunOS 5.8) or higher
- Silicon Graphics, MIPS, IRIX 6.5
化学構造式を標準化するソフトウェアです。
価数チェックやイオン化状態・混成状態の標準化ならびに塩や溶媒を除去することにより構造式データを標準化します。
- 対象ファイルフォーマット
- MDL MOLFile (r/w)
- MDL SDFile (r/w)
- SMILES (r/w)
CHECKの稼動環境
- Microsoft Windows NT/2000/XP
- SUSE Linux (Release 8/9/10, Kernel 2.4/2.6 for x86, 32/64bit)
- Red Hat Linux (Release 8/9/Enterprise, Kernel 2.4/2.6 for x86, 32bit)
- Sun SPARC, Solaris 2.9 or higher
- Silicon Graphics, IRIX 6.5
ファイルフォーマット自動変換ソフトウェアです。
入力した複数の異なるファイルフォーマットを自動認識し、ユーザー指定のファイルフォーマットへ自動変換致します。 対応ファイルフォーマットは57種類もあり、SDFileV3000にも対応しております。
また、UNIX上でファイルフォーマット変換を行う場合のみ、Localやネットワーク越し(http, ftp, gopher, file)の圧縮ファイルを未解凍状態で指定ファイルフォーマットへ変換することが可能となっております。
- 対象ファイルフォーマット: 57種類 (一部抜粋)
- MDL MOLFile (r/w)
- MDL RXNFile (r/w)
- ChemDraw file (r/w)
- MDL SDFile (r/w)
- ISIS SKC file (r/w)
- SYBYL MOL (r/w)
- MDL RDFile (r/w)
- SMILES (r/w)
- Gaussian Input (r/w)
CONVERTの稼動環境
- Microsoft Windows NT/2000/XP (win32)
- SUSE Linux (Release 8/9/10, Kernel 2.4/2.6 for x86, 32/64bit)
- Red Hat Linux (Release 8/9/Enterprise, Kernel 2.4/2.6 for x86, 32bit)
- Sun SPARC, Solaris 2.9 or higher
- Silicon Graphics, IRIX 6.5
2次元構造整形ソフトウェアです。
数十万の化学構造データセットをもとに2次元の化学構造式を整形し、それぞれの構造式の方向を一致させることができます。
また、UNIX上で構造を整形する場合のみ、Localやネットワーク越し(http, ftp, gopher, file)の圧縮ファイルを未解凍状態で構造の整形および方向一致させることが可能となっております。
- 対象ファイルフォーマット
- MDL SDFile (r/w)
- MDL MOLFile (r/w)
2DCOORの稼動環境
- Microsoft Windows NT/2000/XP
- SUSE Linux (Release 8/9/10, Kernel 2.4/2.6 for x86, 32/64bit)
- Red Hat Linux (Release 8/9/Enterprise, Kernel 2.4/2.6 for x86, 32bit)
- Sun SPARC, Solaris 2.9 or higher
- Silicon Graphics, IRIX 6.5
立体異性体自動生成ソフトウェアです。
化学構造式から自動的に立体中心を識別し、立体異性体を自動生成します。 広範囲の有機化学に適応しており、重複した異性体や幾何学的障害のある立体配座を除くことが可能となっております。 また、立体異性体最大生成数を設定することもできます。
- 対象ファイルフォーマット: 約15種類 (以下一部抜粋)
- MDL SDFile (r/w)
- CTX (r/w)
- SMILES (r)
STERGENの稼動環境
- SUSE Linux (Release 8/9, Kernel 2.4/2.6 for x86, AMD64)
- Red Hat Linux 8, 9, Enterprise (Kernel 2.4/2.6 for x86)
- Sun SPARC, Solaris 2.8 or higher
- Silicon Graphics, IRIX 6.5
互変異性体自動生成ソフトウェアです。
数十万の化学構造データセットをもとに、化学構造式から予測できる互変異性体を自動生成します。 広範囲の有機化学に適応しており、溶液中で最も可能性が高いと思われる互変異性体のみを生成させることも可能です。
また、UNIX使用時のみ、Localやネットワーク越し(http, ftp, gopher, file)の圧縮ファイルを未解凍状態で互変異性体を自動生成することが可能となっております。
- 対象ファイルフォーマット
- MDL MOLFile (r/w)
- MDL SDFile (r/w)
- SMILES (r)
TAUTOMERの稼動環境
- Microsoft Windows NT/2000/XP
- SUSE Linux (Release 8/9/10, Kernel 2.4/2.6 for x86, 32/64bit)
- Red Hat Linux (Release 8/9/Enterprise, Kernel 2.4/2.6 for x86, 32bit)
- Sun SPARC, Solaris 2.9 or higher
- Silicon Graphics, IRIX 6.5
構造活性相関ソフトウェアです。
分子に対して様々な記述子を計算します。2次元の自己相関やRadial distribution functionなどMolecular Networks社独自の記述子を用意しております。
また、2次元構造を自動で3次元化し記述子を計算することも可能となっております。
- 対象ファイルフォーマット
- MDL SDFile (r/w)
- SONNIA (w)
- CSV (w)
- SMILES (r)
- CTX (r)
- TSV (w)
計算可能記述子(一部抜粋)
- 3D Autocorrelation
-
- Atom identity (3DACorr_Ident)
- Pi charge (3DACorr_PiChg)
- Sigma electronegativity (3DACorr_SigEN)
- Lone-pair electronegativity (3DACorr_LpEN)
- 3D property-weighted RDF
-
- Atom identity (RDF_Ident)
- Total charge (RDF_TotChg)
- Pi electronegativity (RDF_PiEN)
- Polarizability (RDF_Polariz)
ADRIANA.Codeの稼動環境
- Microsoft Windows NT/2000/XP
- SUSE Linux (Release 8/9, Kernel 2.4/2.6 for x86, AMD64)
- Red Hat Linux 8, 9, Enterprise(Kernel 2.4/2.6 for x86)
構造活性相関ソフトウェアです。
ADRIANA.Codeによって計算された記述子データを用いてモデル作成することが可能です。KohonenやCounterPropagationのニューラルネットワークを用いてデータ解析(クラスタリングやクラス分け)を行うことができます。
- 対象ファイルフォーマット
- MDL SDFile (r/w)
- ASCII (r/w)
- MDL RDFile (r/w)
- CTX (r)
- SMILES (r)
SONNIAの稼動環境
- Microsoft Windows NT/2000/XP
- SUSE Linux(Release 8/9, Kernel 2.4/2.6 for x86, AMD64)
- Red Hat Linux 8, 9, Enterprise(Kernel 2.4/2.6 for x86)
- Sun SPARC, Solaris 2.8 or higher
- Silicon Graphics, IRIX 6.5

