SofeBerry社は、ゲノム研究向けソフトウェアのリーディングカンパニーです。
SoftBerry社が特に注力しているエリアは以下の通りです。
- ゲノムアノテーション
- 配列データベース管理
- 発現データ解析
- DNA及びタンパクのファンクショナルサイト同定
- ゲノム比較
- タンパク構造予測
SoftBerry社のソフトウェアは多岐に渡ります。以下に主要製品をご紹介させて頂きますが他にも多くのソフトウェアをSoftBerry社ホームページでご確認いただけます。また、SoftBerry社ホームページでは、ほぼ全てのソフトウェアのトライアルが可能となっております。是非、お試しください。
真核生物の遺伝子構造・領域予測
- FGENES
- Exon、Promoter、polyA signal の3種類のパターン認識によりExon予測を行います。結果にはスプライスサイト、転写開始部位、ストップコドンが含まれます。
- FGENES-M
- FGENES を改良したもので選択的スプライシングの予測に役立ちます。
- FGENESH
- HMMをベースとし、ab intio遺伝子予測法を使ったExon予測プログラムです。GenScanの50 -100倍も早く、更に8種の生物のパラメータが用意されており、より正確なExonの予測が可能です。
- FGENESH_GC
- ヒトゲノムのsplice siteでnoncanonical に当る、Donor GC splice site を考慮してExon予測を行います。
- BESTORF
- EST / mRNA配列からcoding fragmentを予測します。典型的なmRNAならほぼ100％近い精度、部分的なcoding regionを含む500 -800bpのmRNAでは約99％の精度で予測が可能です。
- FEX
- ヒトDNAシーケンスから5‘-, 3’-Exonを特異的に予測します。
- SPL and SPLM
- splice siteの予測を行います。SPLMはGC-donor siteやAT-AC siteのようなスタンダードではないsplice siteの検索を行います。
- HSPL
- ヒトDNAシーケンスからsplice siteを予測します。
- RNASPL
- cDNA配列中のExon-Exonの結合サイトを予測します。
図：異なる遺伝子予測ツールの
パフォーマンス
ホモロジーを利用した遺伝子構造・領域予測
- FGENESH+
- FGENESHの改良型で、予測したExonをアミノ酸変換し、相同タンパクと自動比較することによりExon予測の精度を向させました。
- FGENESH_C
- FGENESHの改良型で、より精度の高いExon予測を行うため、予測されたExonと既知のcDNA/ESTと自動比較します。
- FGENESH-2
- FGENESHの改良型で、より精度の高いExon予測を行うために予測されたExonと異種間で相同性のある遺伝子を自動比較します。
タンパ質の局在予測とモチーフ抽出
- ProtComp
- タンパク（真核生物）の細胞内の局在を予測します。このプログラムはneural-networkプログラムをベースとしており、シグナルペプチド、シグナルアンカー等の情報を利用してミトコンドリアの膜貫通タンパク、葉緑体タンパク、膜部分等の機能的な配列予測や部位特異的モチーフの検索を行います。
- PSITE
- プロサイトパターンを同定します。
Result of testing of ProtComp on a set of 1068 plant, fungal and animal proteins with known localization not included in training.
